เมื่อไม่ต้องการใช้งานเครื่องจำลองแล้ว ก็สามารถปิดการใช้งานได้หลายแบบ เช่น ถ้าเครื่องจำ ลองได้ติดตั้ง Windows 98/ME หรือ XP ไว้ เมื่อคลิกปุ่ม Startup>>Shut Down ในเครื่องจำลอง ก็จะเป็นการปิดเครื่อง และกลับไปที่หน้าจอหลักของโปรแกรม Virtual PC
แต่ถ้าขณะนั้นกำลังทำงานค้างอยู่ ให้ปฏิบัติดังนี้
1. คลิกเมนู PC>>Shut Down
2. ในกรอบข้อความ Shut Down ที่ปรากฏขึ้นมา ให้คลิกเลือก Save PC State เพื่อบันทึก การทำงานขณะนั้นไว้ เมื่อเรียกใช้งานอีกครั้งก็จะกลับมาที่การทำงานที่ ได้ทำค้างไว้ และจะสามารถทำงาน ต่อไปได้ เป็นการหยุดชั่วคราวนั่นเอง
3. คลิกปุ่ม OK ก็จะกลับไปหน้าจอหลักของโปรแกรม Virtual PC